SGI optimiza la investigación oncológica

El Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas de Madrid (CNIO) ha adquirido un sistema Altix 4000 de Silicon Graphics (SGI) que se ha integrado en su Unidad de Bioinformática, dentro del Programa de Biología Estructural y Computacional.

Así, el Altix 4700 define una máquina diseñada específicamente para usuarios de bases de datos y HPC en mercados científicos, técnicos y comerciales que manejan grandes volúmenes de datos. “Se trata de una plataforma de gran versatilidad, capaz de garantizar una total flexibilidad, gran modularidad y alta densidad. Ofrece un rendimiento máximo a las inversiones tecnológicas a la vez que permite obtener unos resultados excelentes, acelerando la productividad y reduciendo el tiempo de generación de conocimiento”, asegura el fabricante.

Para el CNIO ha sido determinante la capacidad de cálculo del servidor, merced a los 32 procesadores Itanium2 y a los 64 GB de espacio de memoria compartida entre procesadores, ampliables hasta miles de procesadores y decenas de TB.

Igualmente, el sistema de SGI está especialmente adecuado para correr cálculos que necesitan mucho tiempo de computación. Es especialmente relevante “rsearch”, uno de los algoritmos con los que el CNIO ha trabajado en los últimos 6 meses, capaz de hacer búsquedas de secuencias de miRNA en bases de datos usando de manera conjunta alineamientos de estructura secundaria y de estructura primaria. Una simple búsqueda de una secuencia contra un genoma con este algoritmo puede llevar miles de horas de computación por sí sola.

Por otra parte, gracias a su gran espacio de memoria compartida, el Altix se emplea para realizar cálculos numéricos que supongan trabajar con grandes bases de datos o matrices numéricas. “Almacenar el espacio de búsqueda en memoria en lugar de acceder secuencialmente a los discos puede acelerar sustancialmente el acceso a los datos, y por tanto el tiempo final de cálculo. Un ejemplo concreto es la búsqueda de términos biológicos (textmining) en las bases de datos de “abstracts” de biomedicina (Pubmed), un recurso que contiene más de 15 millones de entradas complejas compuestas de texto libre”, asegura la firma TI.

Entre las aplicaciones que funcionan sobre el sistema de Silicon Graphics en el CNIO destacan: búsqueda de secuencias en bases de datos (BLAST, HMMER); análisis de secuencias biológicas (exonerate); dinámica molecular (CHARMM, Amber, Gromacs); cristalografía(CNS, Phenix, Xtal); resonancia magnética nuclear (SAG, CNS, Cyana, NMRPipe); modelado molecular (Openeye, Modeller); gráficos moleculars (CCP4); librerías numéricas (SCSL).

Según declara David G.Pisano, jefe de la Unidad de Bioinformática, “el uso de la máquina es enormemente simple, el soporte técnico es también excelente y todas las incidencias que se han producido sobre la Altix se han solucionado en periodos de tiempo muy breves”.